直至年羹尧接到自裁的谕令，他也一直迟迟不肯动手，还在幻想雍正会下旨赦免他。但雍正已经下定决心，认为使其免遭凌迟酷刑，自裁以全名节已属格外开恩，所以他应该“虽死亦当感涕”，因此年羹尧生路已绝。一个想要谋反的大臣怎么会对皇帝有这种不切实际的幻想呢?雍正在给年羹尧的最后谕令上说：“尔自尽后，稍有含冤之意，则佛书所谓永堕地狱者，虽万劫不能消汝罪孽也。”在永诀之时，雍正还用佛家说教，让年心悦诚服，死而不敢怨皇帝。
第二种观点
还有一种认为，年羹尧参与了雍正夺位的活动，雍正帝即位后反遭猜忌以至被杀。不只是稗官野史，一些学者也持这种看法。据说，康熙帝原已指定皇十四子胤禵继位，雍正帝矫诏夺位，年羹尧也曾参与其中。他受雍正帝指使，拥兵威慑在四川的皇十四子胤禵，使其无法兴兵争位。雍正帝登基之初，对年羹尧大加恩赏，实际上是欲擒故纵，待时机成熟，即罗织罪名，卸磨杀驴，处死年羹尧这个知情之人。有人不同意此说，主要理由是雍正帝继位时，年羹尧远在西北，并未参与矫诏夺位，亦未必知晓其中内情。但客观上讲，当时年羹尧在其任内确有阻断胤禵起兵东进的作用。
关于雍正帝篡改遗诏夺取皇位的情况，许多着述都进行了阐释，阎崇年的《正说清朝十二帝》也有系统归纳，此不赘言。各家说法，见仁见智，莫衷一是。雍正即位一事，确实疑点很多。而他即位后，又先后处置了原来最为得力的助手年羹尧和隆科多，让人更不禁要怀疑这是做贼心虚、杀人灭口。当然，这只能算是合理推定，尚无铁的资料作为支撑，所以，这种怀疑套句俗语说就是：“
事出有因，查无实据。”
我们暂且抛开雍正决心除掉年羹尧的真正动因不说，从年羹尧自身而言，他的死确实有点咎由自取。他自恃功高，妄自尊大，擅作威福，丝毫不知谦逊自保，不守为臣之道，做出超越臣子本分的事情，已为舆论所不容;而且他植党营私，贪赃受贿，“公行不法，全无忌惮”，为国法所不容，也为雍正所忌恨。这就犯了功臣之大忌，势必难得善终。所以《清史稿》上说，隆、年二人凭借权势，无复顾忌，罔作威福，即于覆灭，古圣所诫。