2005年，H5N1病毒的高致病性和高致死性都让人为之恐慌。“我们报告中央，不用担心，我们已经研制出了治疗H5N1高致病性禽流感感染的抗病毒药物，”贺福初说。中国总理温家宝对他们在多次突发公共卫生事件发生时的充分准备和快速反应给予了充分肯定。
成功的三个要素
在谈到军事医学科学院能够如此高效履行承诺的原因时，总结了三方面的要素。第一点原因是素质。在任何国家，“军队级别”总是代表最高级别，这意味着它的成果必须是在特殊条件下才能使用。“复方蒿甲醚和我们自主研发的抗病毒药物代表了我们的素质和能力，”贺福初说。
第二点原因是人才。从过去到现在，军事医学科学院一直在致力培养大量的科学家精英。军事医学科学院的第一代先驱几乎全部是各自研究领域的精英分子。他们中的大多数拥有在国外，尤其是美国和西欧求学或工作的经历，在回国后加入到了军事医学科学院。第二代人才体系主要是由从俄国和东欧回来的科学界大师级人物组成。第三代人才体系则主要是由来自中国最负盛名的五大高校的学生。“目前基本上是由这三代人才中的顶尖科学家共同组成了军事医学科学院的骨干，”贺福初说。
第三点原因是纪律。贺福初解释道军事医学科学院拥有其他科研院所没有的军队文化。因而军事医学科学院的工作人员具有高度的协作性。“在现今社会，在科研团队中这种纪律性是非常少见的。你可能只有在高度机密机构开展的大型技术项目例如中国航天计划或美国阿波罗计划中才能看到。”
蛋白质组学的先锋
在2001年成为中科院院士后，贺福初开始认真思考他的人生目标。他意识到院士头衔或许是为他提供了做大事的一个平台。那时候蛋白质组学是科学领域的一个热点，世界各地的科学家们都争相参与其中。“由于从根本上讲，蛋白质才是生物体的基本组成部分，而非基因，”贺福初说：“于是我想我们或许可以尝试去鉴别肝脏中的所有蛋白质，并揭示出它们的功能。”
2002年，人类蛋白质组研究组织(Human Proteome Organization)任命贺福初担任人类肝脏蛋白质组计划(HLPP)负责人，这使得他成为了在中国领导如此大型的国际研究计划的第一人。随后在2003年，他领头成立了北京蛋白质组研究中心。
贺福初承认他对军事医学科学院的未来雄心勃勃。他希望推动这一机构成为中国乃至全世界前沿生命科学各个研究领域的先锋。这就是他决定领导HLPP的原因之一。“我认为作为一个领导者应具备将人民引导至新方向的才能，我希望通过军事医学科学院带领蛋白质组学研究领域不断向前发展，”贺福初说。