4月29日报道，菲律宾武装部队知道中国正对其进行“窥探”，于是采取了应对措施保护国家军事机密，但没有采取俄罗斯那种停止使用互联网、改用老式但可靠的打字机进行沟通的策略。
在菲律宾军队里处理菲律宾与中国南中国海领土争端的办公室里，禁止使用手机，也没有接入互联网。交流从不使用电子邮件，而是用电脑打印出来由专人交付。为了保险起见，也不使用USB接口。另一个应对措施是以密码或难懂的方言而不是英语来对话。
消息人士说，除了挫败窃听者，菲军方还警惕传统的间谍。他说，有些人伪装成商人、摊贩甚至渔民。
该人士说：“如果美国海军的飞机没有在菲律宾的船只和‘谢拉·马德雷’号军舰上空低空飞行，那么中国海警可能会更加咄咄逼人地采取阻挠行动，使菲律宾船只无法到达仁爱礁。”因为无权向记者透露军事行动的细节，该人士要求匿名。
《菲律宾每日询问者报》的消息人士说，在仁爱礁行动之前三天，巴拉望省外一个海军维护的区域失去了所有通信信号，不管是手机还是互联网，但菲律宾本土信号未受任何干扰。
在与中国因领土争端而关系紧张近两年之后，军队几乎凭直觉就知道谁在拦截信号。这名消息人士说：“我们知道行动受到了损害。”
该人士说，中国人也知道该阻挠哪一艘船。在执行任务时，同一海域还有其他渔船，但是中国海警没有阻挠其他船只。该人士说：“他们知道你们的船是从军队的出发点出发的。我们猜测他们实际上在等待两艘船，这就是为什么只有中国海警3401船阻挠你们的原因。中国的另一艘海警船看来是在等待另外一艘菲律宾的船只。”
