不久，被废的中宗被安置在房州。五天后，又转到均州。来年三月，又迁到房州。一住就是十五年。期间，发生了许多变故。他被囚禁不久，弟弟李旦上表逊位，武则天登上皇位，李唐宗室子弟大多被杀戮。又发生了扬州徐敬业等人的兵变。不久，宗室琅琊王冲、越王贞等相继起兵。他们都打出反对武则天，匡复庐陵王的口号。这样让李显担忧被母后所害，于是惶恐不安。听说朝廷有使节到房州来，就想自裁，幸亏与之共患难的韦氏加以安慰，才安然无恙。
圣历元年三月，武则天突然把庐陵王从房州接回来。称庐陵王有病，需来洛阳休养，实际上是让李显重任太子。中宗为搞好与母后的关系，决定与武氏联姻。于是将女儿永泰公主嫁予武则天的侄子武延基(魏王武承嗣的儿子)，幼女安乐公主嫁给武三思的儿子武崇训。
长安元年九月，皇太孙李重润和永泰公主夫妇对武后宠信的张易之、张宗昌兄弟表示不满，结果二张反而告他们诽谤朝廷。重润与永泰夫妇被迫自杀。面对二张的威胁，太子李显与弟弟李旦和妹妹太平公主经常往来，暗中计议对策。
长安四年，武则天病居迎仙宫，除了二张，外人不得入内。神龙元年正月，张柬之等人起兵发动政变，占领玄武门，斩关而入，进入迎仙宫，杀死二张。相王李旦也率南衙禁兵加强警戒，配合这一行动。武则天于是先传令太子李显监国，次日传位，隔天中宗复位，并大赦天下。于是论功行赏，李旦加为安国相王，拜太傅，同中书门下三品;妹妹太平公主加镇国太平公主称号，表彰拥立之功。张柬之等人也加官晋爵。
武则天死后，唐中宗李显懦弱无能，结果朝政大权落到了韦皇后和安乐公主之手，原来发动政变恢复唐朝的功臣、宰相张柬之也被他们贬官驱逐，太子李重俊被杀。韦皇后效仿原来武则天的做法，让自己的兄长韦温掌握大权，对于女儿安乐公主的违法卖官鬻爵也不加制止，大加纵容。
景龙四年(710)六月，中宗被韦皇后和女儿安乐公主毒杀。改立少帝李重茂，改元唐隆。起初，宰相十几人集体商议并由上官婉儿执笔的中宗遗诏是由韦后以皇太后临朝称制，而以时为安国相王的睿宗加太尉参谋辅政。后来，韦后的党羽认为不应该用相王辅政，实际上是韦后想仿效武则天把持朝政，把唐睿宗李旦当作了一大障碍，是对曾经做过大唐皇帝和皇嗣的睿宗心怀疑忌。
