“原来，搞来搞去还是台独那一套。”台湾《联合报》10日刊登社论称，“学运主张‘先立法/后审查’，这个《监督条例民间版》(现改称《两岸协议缔结条例》)以‘两国论’为架构，其极尽刁难又以几乎能使未来两岸任何协议皆签不成为目标，更欲对已签成的所有协议翻案否决;若此一‘民间版’即是这场学运的政治宣言，则这场学运其实是‘换一块路牌的台独’。”林飞帆在“总统府”前称，“我们的行动，在台湾与中国的关系之间，也做了新的定义”。社论称，什么是他的“新定义”?是“戒急用忍”吗?是“正名制宪”吗?是“一边一国”吗?这些若就是隐藏在“民间版”下的“新定义”，则其中哪一种“新定义”不是已被验证为根本行不通的“老办法”?
岛内一名资深媒体人10日对《环球时报》说，如果民间版的监督条例通过，“形同台湾在法律上认定两岸是两国，这是一个潜伏的最大台独阴谋”。
台湾商人符宜宁10日在《中国时报》上撰文以“甘心当台独马前卒”称呼“学运分子”。民进党“立委” 黄伟哲的妹妹黄智贤政治立场不同于其兄，也不是亲国民党的知识分子，但她反对“反服贸”，她认为，反服贸团体“实际上是想推动台独意识形态”，而“台独会害了台湾社会”。她说，林飞帆与陈为廷两人的“台独”倾向非常明显，林飞帆不满20岁时就已在公开场合宣示“信仰台独”，陈为廷更是在这长达三周多的占领中，不只一次地表达过他主张“台独信念”。
据亲绿的《自由时报》报道，“台独”大佬李登辉9日“眼眶含泪”称赞“太阳花学运”，声称学生将台湾带到新的阶段，是台湾的“第二次民主改革”。香港《大公报》称，“台独”大佬辜宽敏得知反服贸民众强行占领“立法院”后， 第二天凌晨就赶到那里为“占院者”打气，还宣称“台湾有希望了”;连日来也有不少“台独”分子进入“立法院”议场煽动“占院者”长期作战。文章警告，近年两岸经贸关系日益紧密，两岸关系和平发展步入正轨，大大压缩了“台独”的空间。现今台湾陷入挺服贸和反服贸的无休止争议，正中“台独”下怀。两岸各界应提高警惕，防止“台独”借机还魂。
中国社科院近代史研究所副研究员褚静涛10日对《环球时报》表示，虽然有些“独派”势力推波助澜，但“台独”难以借此次运动膨胀。过去20年的经验教训表明，“台独”的路子是走不通的，而服贸协议的每一条款也都是经得起阳光照射的，经得起时间考验。
“台湾已经是一个没有台独生存空间的地方”，岛内资深媒体人江中博称，过去历次全台性的选举都证实，只要民进党以“台独”作为选举口号，都会败得一塌糊涂，尤其是2008年谢长廷强力主张“仇中恨共”，输了马英九900多万票，蔡英文2012年与马英九竞选时，已经不敢喊“台独”，只是隐诲地说“台湾共识”，却仍在马英九第一任期做得并不成功下，输了马英九多达70万票。
