就在《马关条约》签署日的4月17日，台湾“中研院”近代史研究所举办了一场为期两天的“多元视野下的钓鱼台问题新论”(台湾称钓鱼岛为“钓鱼台”)国际学术研讨会。中国大陆、台湾、香港以及日本四地的专家学者齐聚一堂，针对各自专业角度和政治立场，对钓鱼岛问题展开讨论。曾经的保钓健将台湾地区领导人马英九也到场致辞，以“历史四大阶段”说明钓鱼岛列屿争议的发展过程。
马英九开场就依据史实，将钓鱼岛的发现、命名、使用、海防、归属、争议的产生等过程娓娓道来，他强调，美国将钓鱼岛列屿的“行政权”交予日本，但并不产生“主权的转移”，钓鱼岛的主权是“中华民国”的，是“中华民国”固有领土。后有讨论学者指出，这样的提法可以归纳为“不否认日本对钓鱼岛治权，不承认日本对钓鱼岛主权”。
东京大学川岛真教授站在日方立场，以外交档案和历史史料为依据，对钓鱼岛问题的形成，尤其是中国态度的不断变化做了分析。他指出，日本占据钓鱼岛“合法合理”，而中国历代政府对钓鱼岛的归属问题反反复复，甚至中国五六十年代的文字材料中还出现“尖阁诸岛”字样，可见中国政府一开始是承认日本对“尖阁诸岛”主权的。他认为，当1970年代宣布钓鱼岛周边海域发现海底油田时，两岸才开始主张对钓鱼岛的主权。
对此，台湾政治大学外交系邵玉铭教授反驳说，中国对钓鱼岛主权的主张，要远早于石油的发现，当然不是为了石油，何况钓鱼岛周边的开采成本巨大，不经济也不效率。钓鱼岛问题可上溯到清政府与日本签署的《马关条约》，此后台湾及其周边岛屿一直处于日本的殖民统治之下，日本在统治期间篡改了台湾地名，推翻满清后到1945年抗战胜利为止，中国政府都未曾台湾进行过统治，刚接手台湾的中国政府对台湾及其周边岛屿的状况了解不周，因此未能在第一时间察觉到日本所称“尖阁诸岛”就是被日本窃取的“钓鱼岛”。何况，日美之间私相授受，暗箱操作，中国政府在不知情的状况下如何抗议?
